Wielkopolskie Centrum Onkologii wdrożyło i utrzymuje Zintegrowany System Zarządzania (ZSZ) zgodny z wymaganiami norm: ISO 9001, ISO 14001, PN-N-18001 i wytycznymi akredytacyjnymi Centrum Monitorowania Jakością oraz przyjęło do stosowania Politykę ZSZ. Celem wdrożenia i utrzymywania systemu zarządzania we wszystkich jednostkach organizacyjnych szpitala jest sumienne realizowanie założonej strategii Centrum.