Wielkopolskie Centrum Onkologii wdrożyło i utrzymuje System Zarządzania Jakością (SZJ) zgodny z wymaganiami normy ISO 9001 i wytycznymi akredytacyjnymi Centrum Monitorowania Jakością oraz przyjęło do stosowania Politykę Jakości. Celem wdrożenia i utrzymywania systemu zarządzania we wszystkich jednostkach organizacyjnych szpitala jest sumienne realizowanie założonej strategii Centrum. Funkcjonujący w Centrum system obejmuje całą strukturę organizacyjną szpitala, w tym jednostki zamiejscowe, w zakresie: ambulatoryjnej opieki specjalistycznej, leczenia szpitalnego, profilaktyki, diagnostyki, interdyscyplinarnego leczenia chorób nowotworowych, rehabilitacji leczniczej oraz innych usług powiązanych.